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高效液相色谱仪作为一种高精度仪器，如果操作不当，容易造成一些问题。最常见的问题是柱压、漂移和峰形异常。
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基线漂移
一般来说，机器刚启动时，基线容易发生漂移，大约需要半个小时。如果使用缓冲溶液或缓冲盐，在实验过程中发现基线漂移，应考虑以下原因：
1）柱温波动。解决方法：控制柱和流动相的温度，并检查柱温度相对面是否有开窗或空调；
2）循环罐被污染或有气体。解决方法：用甲醇或其他强极性溶剂冲洗循环槽。必要时可使用1n硝酸（非盐酸）;
3）紫外线灯能量不足。解决方法：更换新的紫外线灯；
4）流动相变质或由低质量溶剂配制而成。
解决方法：检查流动相组成，使用优质化学试剂和高效液相色谱级溶剂；
5）样品中保留力强（K值高）的物质被洗出为馒头峰，呈现出逐渐升高的基线。
解决方法：使用一个保护柱，如果需要，在注射之间。分析时，定期用强溶剂洗涤柱；
HPLC液相色谱仪峰形状异常
峰型问题是液相的主要问题。在液相过程中，我们需要改变不同的条件来改善不良峰型。对各类异常峰要区别对待，从主要问题入手逐一解决。
1）色谱图中无峰。解决方法：不正确的探测器设置；造成上述情况的原因可以进行相应的调整。
2）一个或多个峰为负值。解决方案：流动相具有高吸收背景；进样时空气进入；样品组分的吸收低于流动相的吸收。
3）所有峰均为负值。解决方法：信号线接反或探测器输出极性设置反；光学还不平衡。
4）所有山峰都是宽峰。解决方法：系统不平衡；溶解样品的溶剂极性比与流动样品的溶剂极性比相